Прошло три года с тех пор, как Шинья Когами покинул отдел расследований. Японское Управление общественной безопасности поручает следователю Акане Цунэмори миссию в Южно-Восточном Азиатском регионе. Акане должна расследовать серию загадочных преступлений, связанных с новым видом преступной деятельности, угрожающей общественному порядку. В ходе расследования она сталкивается с теневыми фигурами и скрытыми угрозами, которые ставят под сомнение её понимание справедливости и морали.
Действие разворачивается в 2112 году, когда технология позволяет мгновенно измерять психическое состояние каждого человека и прогнозировать вероятность его преступных действий с помощью специального устройства. Главная героиня, новобранец полиции Акане Цунемори, присоединяется к отделу, который использует эти устройства для поддержания порядка. Она сталкивается с моральными дилеммами, пытаясь понять, можно ли доверять системе, которая судит людей на основе вероятностей. В процессе расследований
Новый век приносит с собой новые угрозы. Цифровое рабство, которое недавно казалось плодом воспаленной фантазии, становится реальностью. Среди тех, кто сражается с этим злом, находится группа Сурат. Их цель — разоблачить Фумито Нанахару, влиятельного человека, захватившего контроль над Токио и действующего вне закона. Когда кровавый кризис становится неизбежным, на сцену выходит Сая — японская школьница с мечом, потерявшая все, что ей было дорого, и теперь жаждущая лишь одного: отомщения.