Прошло два года с тех пор, как отважная команда, возглавляемая Клаудом Страйфом, предотвратила угрозу, исходящую от коварного Сефирота. В наступившем мире воцарился покой, а могучий Клауд решил отойти от дел и поселиться в уединении. Однако спокойствие оказалось мимолетным: новая угроза в лице таинственных братьев, стремящихся воскресить Сефирота, вновь нависла над планетой. Клауду предстоит вернуться в бой, чтобы защитить своих друзей и сохранить хрупкий мир.
В прошлом легендарный воин и герой, Сефирот, разрушил деревню, куда он прибыл в сопровождении Зака и Клауда, стремясь найти свою мать. После этого трагического события он отправился в горы, где располагался реактор Мако, таящий в себе мрачные тайны. В этом месте Сефирот обнаружил истину о своём происхождении, что привело его к безумию и жажде разрушения. Зак и Клауд, ставшие свидетелями его падения, вынуждены противостоять некогда великому герою, чтобы остановить надвигающуюся катастрофу.