Рядовой Джо Армстронг, служащий в филиппинском отряде армии США, сопровождает военный конвой, когда на них неожиданно нападают вооруженные бандиты. В разгар схватки Джо замечает среди нападающих загадочного черного воина, чьи навыки и техника боя вызывают у него смутные воспоминания. Проявляя невероятную ловкость и силу, Джо успешно отражает атаку, но его действия вызывают подозрения у командования. Постепенно раскрывая тайны своего прошлого, он осознает, что его судьба переплетается с древними
Действие разворачивается на живописном острове Святого Томаса в Карибском море, куда прибывают американский наемник Джо Армстронг и его соратник, сержант Кертис Джексон. Их задача состоит в расследовании загадочных исчезновений морских пехотинцев. Вскоре они обнаруживают, что за похищениями стоит зловещий ученый, создающий армию генетически модифицированных ниндзя. Герои вступают в смертельную схватку с врагами, чтобы остановить безумного ученого и спасти своих товарищей.
Мастер искусства ниндзюцу Чо, известный как Черный ниндзя, покидает родную Японию после трагедии: в результате нападения группы ниндзя погибает почти вся его семья. Вместе с сыном он переезжает в США, стремясь начать новую жизнь на чужбине. Однако, даже на новом месте Чо не удается избежать прошлого. Вскоре он обнаруживает, что его навыки снова востребованы, когда сталкивается с криминальными элементами, угрожающими его близким. Чо вынужден вновь облечься в тень, чтобы защитить сына и отомстить