После долгого периода спокойствия гигантское чудовище вновь появляется у побережья Японии, разрушая рыболовецкое судно. Японские власти, стремясь избежать распространения паники и слухов, изолируют единственного выжившего моряка. Однако ситуация обостряется, когда монстр атакует советскую ядерную подводную лодку. В этот момент становится ясно, что скрывать правду уже не только бессмысленно, но и крайне опасно.
Прошел год с тех пор, как Годзилла сразился с Мехагодзиллой. Не успели японцы перевести дух, как новое предупреждение заставило их снова вздрогнуть: всё, что осталось от первого нашествия Годзиллы, включая кости и органические ткани, должно быть возвращено океану. Даже мельчайшие молекулы ДНК должны погрузиться в бездну вод, чтобы страна смогла обрести покой. Это послание исходит от Мотры, древнего защитника природы и заклятого врага Годзиллы. Но Годзилла не собирается оставаться в стороне: из