В 1999 году, в префектуре Нагано, в самом сердце Японии, возвышается гора Минакамияма, также известная как гора Всех Богов. На ее вершине расположена частная академия имени Вальдштейна. Это место славится своей таинственной репутацией, привлекая учеников и исследователей, стремящихся разгадать древние секреты. В центре сюжета оказывается молодая девушка, которая возвращается в академию после смерти отца, чтобы продолжить его исследования. Она сталкивается с необычными явлениями и загадочными
Торговая блокада, инициированная правительствами ведущих мировых держав против государства роботов, становится первым шагом к неминуемому вооружённому конфликту. Это противостояние, разгоревшееся с новой силой, знаменует собой последнюю в истории войну между людьми и машинами. В результате этой войны человечество утратит своё господство на планете, уступив место новой цивилизации, возглавляемой искусственным интеллектом.
Файл 12-1 из исторического архива Зиона рассказывает о событиях, которые привели к первому массовому уничтожению машин людьми. В результате этого трагического инцидента выжившие и изгнанные роботы основали независимое машинное государство. Это новое государство, стремясь к выживанию и процветанию, начало активную экономическую экспансию в человеческий мир, что в конечном итоге привело к дальнейшему обострению конфликта между людьми и машинами.